SEO优化难度大

独立站存在的一个不足之处就是SEO优化的难度相对较大。相比于依托平台的站点，独立站需要自行进行关键词排名、外链建设等工作，需要投入更多的时间和精力。而且由于竞争激烈，很多独立站很难在搜索引擎中脱颖而出，导致流量较难稳定增长。

资源投入较大

独立站存在的另一个不足之处是资源投入较大。建立一个独立站需要投入大量的人力、财力和时间。需要购买域名、服务器，设计网站界面，撰写高质量的内容，进行推广等等。对于个人站长或小团队来说，这些都需要付出很大的代价。

流量获取困难

独立站还存在流量获取困难的问题。相比于依托平台的站点，独立站需要自己去获取流量，需要通过各种手段吸引用户访问。而且由于缺乏平台的流量支持，很多独立站的流量增长速度较慢，甚至难以突破。

盈利模式不明确

最后，独立站的盈利模式也相对不明确。相比于依托平台的站点，独立站需要自己去寻找盈利模式，可能需要依靠广告、付费会员、电商等多种方式。而且由于流量获取困难，很多独立站的盈利模式并不明确，难以实现盈利。